Bereits bei den ersten Landpflanzen konnten ernstzunehmende Hinweise auf die Präsenz endophytischer Pilze, die große Ähnlichkeiten mit rezenten Mykorrhizen aufzeigen, gefunden werden. Vieles deutet darauf hin, dass die ältesten Vertreter der Pflanzen die Landlebensräume im Verbund mit symbiotischen Pilzen besiedelten. Diese entwicklungsgeschichtlich weit zurückreichenden Assoziationen konnten im Prinzip bis in die Gegenwart (in Form der arbuskulären Mykorrhizen) überdauern. Veränderte Umweltbedingungen (z.B. der Substrateigenschaften) unterstützten schließlich die Herausbildung weiterer spezifischer Mykorrhizaformen (wie die Ekto- und die ericoiden Mykorrhizen).